L’Archivio Diocesano, che attualmente raccoglie i fondi del Capitolo Cattedrale e della Curia Vescovile, prima conservati in luoghi diversi, è aperto al pubblico dal 2002, anno nel quale sono stati restaurati i nuovi locali siti al piano terra dell’episcopio che hanno messo in luce anche l’antica cisterna medievale del palazzo. L’ indiscutibile interesse storico del’Archivio, deriva dal fatto che lo stesso è il prodotto, pressoché integro, dell’attività di una delle maggiori istituzioni ecclesiastiche diocesane a partire dal 1503. Lo contraddistingue la peculiarità dei suoi documenti, cronache antiche, delibere, atti notarili, cause, registri di amministrazione, fonti primarie per gli studi religiosi, sociali e politici di Alghero e dell’intera Isola. Ad impreziosirlo, inoltre, l’esistenza degli atti di cinque sinodi, tra cui quelli quattrocenteschi delle antiche diocesi di Castro, Bisarcio e Ottana. Dal 2005 sono stati avviati diversi progetti di ordinamento ed inventariazione dei fondi documentari conservati nell’Archivio, grazie al contributo dell’8 per mille della Conferenza Episcopale Italiana e del Ministero per i Beni Culturali.

Il fondo del Capitolo Cattedrale è stato ordinato ed inventariato e, nel 2013, è stato stampato con il contributo della Fondazione Banco di Sardegna, l’Inventario con note storiche, a cura della dott.ssa Alessandra Derriu. È in corso l’ordinamento e l’inventariazione del fondo della Curia, in particolare del fondo del Tribunale ecclesiastico, con il contributo della Cei e del Ministero per i Beni Culturali. Contemporaneamente agli interventi di ordinamento e di inventariazione sono stati portati avanti progetti di restauro dei documenti, di digitalizzazione e metadatazione, con il contributo della Cei e della Regione Autonoma per la Sardegna.